Im Jahr 1996 wurden die damaligen psychiatrischen Landeskrankenhäuser in Anstalten des öffentlichen Rechts umgewandelt und tragen seitdem die Bezeichnung „Zentrum für Psychiatrie“. Seit dem 1. September 2013 ist das ZfP Reichenau als eigenständiges Zentrum Teil des Verbunds der „Südwürttembergischen Zentren für Psychiatrie“.

Zum 1. Januar 2009 fusionierten die drei Zentren für Psychiatrie in Bad Schussenried, Weissenau und Zwiefalten zu den „Südwürttembergischen Zentren für Psychiatrie“ mit Geschäftssitz in Bad Schussenried. Die landespolitische Verantwortung für diese Zentren wird durch die Gewährträgerfunktion des Landes sichergestellt.

Die Aufsicht über die Zentren wird durch den Aufsichtsrat wahrgenommen, der sich aus drei Landesvertretern zusammensetzt: Zwei Vertreter werden vom Ministerium für Soziales und Integration entsandt, eine:r vom Ministerium für Finanzen. Die Landkreise, in denen das ZfP seine traditionellen Betriebsstätten hat (Konstanz, Waldshut und dem südlichen Landkreis Tuttlingen), sind durch den Landrat des Landkreises Konstanz vertreten. Ein weiteres Aufsichtsratsmitglied wird vom Gesamtpersonalrat des ZfP Reichenau vorgeschlagen. Ein Patientenfürsprecher wirkt als beratendes Mitglied im Aufsichtsrat mit.